新型冠状病毒感染肺炎疫情发生以来，高能所于2020年1月25日初步启动防控措施，后根据国卫办和中科院相关通知精神，于1月27日紧急启动突发事件应急预案，成立了以所长为组长的疫情防控工作组，并下发了《关于做好新型冠状病毒感染肺炎防控的通知》（以下简称《通知》）。疫情小组成员按照防控工作的具体安排，以及根据各自所在部门的工作实际，实施了较为有效、强力、严格的举措，取得了全所动员、快速反应的主动作为局面。
突发事件应急预案启动后，在保证大科学装置运行、建设不断线的前提下，各部门紧急行动，涌现出不少行之有效的防控举措。
所党委加强引导 发挥党组织和广大党员、干部作用
2月5日，所党委制定发挥“两个作用”联络值守机制方案，建立所党委、党支部（总支）两级值守机制，明确各级党组织在疫情防控中的的任务要求；向全所各级党组织、全体党员发出公开信，号召在疫情防控工作中当先锋做表率；要求各党支部通过在线主题党日的方式，认真学习中共中央《关于加强党的领导、为打赢疫情防控阻击战提供坚强政治保证的通知》以及中央和国家机关工委、院党组的有关文件；此外，所党委还建立了权威信息发布渠道，依托支部书记微信群，及时更新官方权威防护常识和注意事项，并在园区设立病毒防控知识宣传栏。
努力做好园区及留所、复工职工的防控管理
自1月28日起，高能所同石景山区老山街道高能所社区实行联防联控机制，对高能所社区实行封闭式管理。为避免交叉感染，所食堂暂时关闭仅提供盒饭。所物业从除夕开始，每天对园区公共区域按时消杀三次。此外，行政处还在全所范围内增设18处废弃口罩专用垃圾桶，并为园区电梯增设“纸抽按键”。2月3日起，所主要办公楼进入人员需按要求做体温监测与登记。
针对住宿职工及学生，行政处房产办发布并落实了《单身住宿职工及博士后回所观察期住宿调整方案》，以避免返所住宿人员观察期的交叉感染。2月5日，所内专家招待所通过咨询辖区旅游、卫生和公安等行业主管部门，及时安排了招待所全部客房作为返京单身职工和博士生的居家观察场所，并提前做好相关准备工作。
按照《通知》要求，高能所各部门由专人负责统计职工、学生每天的新冠疫情时期情况表（内容包括返京信息和身体状况），并第一时间上报和反馈。
各部门积极主动履职、有效发挥作用
比如自疫情爆发后，东莞分部立即成立疫情防控工作组，工作组主要负责人带领行政办和相关管理人员取消春节休假，迅速制定如建立返莞人员集中隔离留观区域、加班完成物资采购等一系列防控措施。与此同时，分部党总支还成立了疫情防控先锋队，制定《东莞分部疫情防控先锋队工作方案》。先锋队成立以来，他们积极主动做好广大党员群众的思想工作，对隔离观察人员提供“一对一”帮扶。再如,为保障北京正负电子对撞机的稳定运行,在抗击疫情的关键时期，加速器和实验物理中心紧急调集在京人员留守，这些同志主动放弃休假，顶替未能到岗同事，为对撞机的模式校正和亮度优化等维稳工作提供了保障。
受疫情影响，连日来，所内视频会议增加了60%，且达到现有vidyo系统能力的上限。针对这一实情，计算中心紧急开通了桌面视频会议系统，升级了所会议室预定系统，实现预定会议的逐级审批功能。此外，他们还通过所微信公众号向全所人员介绍视频会议、个人云存储、在线办公等系统的使用方法。
再比如，春节疫情蔓延期，教育处及时按照上级部门及所内相关要求，制定研究生疫情防控工作方案，且于1月22日整理出所有在学学生的生源地信息,于1月25日按照“一人一册”要求完成在所500多名研究生的摸排整理工作。为保证全所能够及时购买防疫物资，资产财务处积极组织安排加班加点汇款。实验物理中心、理论物理室、多学科中心、核技术应用研究中心等科研部门则依靠室务会行政主管领导→行政秘书主管→科研行政组组长（副组长）→研究生导师等责任链条，通过网络课题组会、电话会议、职工周报等方式积极开展各项科研工作，并完成防疫任务。